La gran diferencia para mi entre estas dos teorías es que:
Según la Teoría Innatista el lenguaje es algo innato del ser humano, no algo aprendido. No es algo que sea exclusivamente fruto del aprendizaje a través de nuestras experiencias y percepciones sensoriales. Es decir, que no nacemos con la mente "vacía", sin cualidades innatas.
Por el contrario, la teoría del conductismo se basa en el empleo de procedimientos estrictamente experimentales para estudiar el comportamiento observable, es decir, la conducta, teniendo en cuenta como variables el conjunto de estímulos y repuestas que conforman nuestro entorno.
A mi opinión estas dos teorías son complementarias ya que con el paso del tiempo se a observado que algo de cada teoría es notable en el desarrollo del lenguaje del ser humano.