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La mayor parte de las actividades de los Ingenieros en Producción Acuícola gira en torno al recurso agua y su adecuado manejo para el análisis, diseño, construcción, operación, mantenimiento, evaluación y control de los procesos de cultivo de especies hidrobiológicas. 

Es de alta importancia la disposición adecuada de los efluentes generados en acuicultura, principalmente los generados en el momento de cosecha por vaciado, así como los generados en sistemas de recirculación para la acuicultura (SRA s), donde  el líquido que se descarta para ser sustituido por recambios con agua fresca presenta altas concentraciones de materia orgánica, sólidos y macronutrientes, los cuales deben ser debidamente tratados para poder realizar su vertimiento a los cuerpos receptores.

Adicionalmente, el Ingeniero en Producción Acuícola está también llamado a liderar los procesos de generación de valor agregado en la poscosecha y llevar al productor y la región los mayores ingresos y beneficios posibles. Los efluentes generados por plantas de proceso de productos hidrobiológicos alcanzan cargas contaminantes similares a las de los efluentes urbanos y domésticos, lo que obliga a prever el adecuado tratamiento para así tramitar el permiso de vertimientos respectivo.

En la actual realidad tecnológica mundial existen alternativas eficientes para el tratamiento de diversos tipos de efluentes, entre ellas están tratamientos físico químicos, procesos de oxidación avanzada, procesos de separación por membranas, entre otros, que se caracterizan por sus altos costos, consumo energético elevado, dificultades de un mantenimiento y operación autónomos y necesidad de mano de obra altamente calificada. Ante tales circunstancias se presentan las opciones de tratamiento naturales, de bajo costo, que ofrecen altas eficiencias de tratamiento, robustas ante sobrecargas hidráulicas y orgánicas, de fácil mantenimiento y operación, que usualmente no consumen energía, no requieren de equipos sofisticados, mano de obra altamente cualificada, y que son factibles de instalar en diversas regiones con disponibilidad de área.   

Los ingenieros en Producción Acuícola deben poseer sólidos conocimientos en cuanto al diseño y construcción de instalaciones destinadas a la producción de especies hidrobiológicas, particularmente en la presente asignatura se abordará los aspectos teóricos y conceptuales asociados al diseño y pasos constructivos de unidades de cultivo ejecutadas en materiales térreos denominadas “Estanques”, y junto a ellos sus estructuras de entrada y salida. En el núcleo temático "Diseño de infraestructura acuícola" que se ofrece en octavo semestre a los estudiantes de Ingeniería en Producción Acuícola se pretende brindar al estudiante un conocimiento sustentado en los estanques construidos con suelo, bien sea por excavación, relleno o mecanismos mixtos que compensen excavación y relleno. Se presentará modelos típicos de diseño de las estructuras de entrada y salida a los estanques y recomendaciones realizadas por la Food and Agriculture Organization en cuanto al diseño de los diversos tipos de estanques y mecanismos para determinar un estimativo de cantidades de materiales.

Con base en lo anterior, la asignatura “Diseño de infraestructura acuícola” se constituye en una herramienta imprescindible en la formación técnica del futuro ingeniero ya que mediante las bases adquiridas en núcleos temáticos anteriores más los elementos conceptuales y prácticos que le brindará éste núcleo, los estudiantes estarán en capacidad de diseñar con criterio ingenieril construcciones en material térreo para la producción acuícola, identificará aspectos relevantes desde el punto de vista del diseño y construcción en estructuras e instalaciones para la producción de especies hidrobiológicas en estanques, adquirirá herramientas para que, mediante la aplicación de conocimientos topográficos, le permitan realizar la estimación de cantidades de obra para movimiento de tierras, optimizar dicha actividad mediante compensación de excavación y relleno y así minimizar el presupuesto destinado a tal fin.

Además de la extensa y profunda formación en aspectos biológicos, productivos  y específicamente en el control de calidad de las aguas desde el punto de vista físico, químico y biológico, los ingenieros en Producción Acuícola deben poseer sólidos conocimientos en cuanto al diseño y construcción de instalaciones destinadas a la producción hidrobiológica. Desde la etapa de estudio de los datos hídricos e hidrológicos de una zona, el diseño de la bocatoma, aducción, desarenador, proceso de filtración, conducción, hasta la evacuación final del agua y su posible tratamiento; en todas las etapas del proceso de producción acuícola el ingeniero deberá trabajar con materiales tales como suelos, madera, metales y concreto. En este núcleo temático se pretende brindar a los estudiantes los elementos teóricos y conceptuales para el diseño de edificaciones de uno y dos pisos a la luz del Título E de la Norma Sismorresistente Colombiana (NSR-98). Se brindará un conocimiento básico sobre las características de materiales utilizados en la construcción de infraestructura para la producción acuícola, especialmente enfocado al estudio de los suelos, concretos y demás elementos que intervienen en la construcción de edificaciones tales como casetas, laboratorios, alojamientos o bodegas. Se abordará temáticas referidas a los pasos a seguir para la construcción de edificaciones discriminando los ítems que intervienen en ella, la determinación de cantidades de obra, el cálculo de precios unitarios, rendimientos de mano de obra, precios unitarios y presupuesto final. Se realizarán labores de extensión a grupos de pequeños y medianos productores del departamento de Nariño en consonancia con las labores que está desarrollando la Gobernación del Departamento para fortalecimiento del encadenamiento piscícola de la región mediante levantamiento topográfico de los terrenos, diseño hidráulico, determinación de presupuestos.