La climatología e hidrología en la ingeniería agroforestal comprenden la necesidad de orientar los principios fundamentales del clima y las herramientas prácticas que han sido aplicadas con éxito en la solución de fenómenos hidroclimáticos y los factores que afectan su relación con los sistemas agrícolas y agroforestales. El estudio del ciclo hidrológico pretende analizar los periodos de satisfacción con los requerimientos del agua para diferentes actividades (uso poblacional, la irrigación, la generación de energía eléctrica entre otros), los periodos de sequía y las inundaciones. La investigación de los procesos de aguas superficiales ocurridos (evaporación, evapotranspiración, escorrentía, lixiviación) permitirá orientar el manejo adecuado de los recursos para la optimización de la producción.

Esta asignatura comprende los fundamentos teóricos de la climatología e hidrología, enfocados principalmente a los procesos ocurridos dentro de la cuenca hidrológica y la influencia de la dinámica y función del clima sobre la biosfera, determinando la variación espacio – temporal de los agentes que intervienen en el ciclo hidrológico, utilizando como principal herramienta el balance hídrico.

La fisiologia vegetal estudia los procesos metabolicos de las plantas, las actividades internas de las plantas, los procesos fisicos y quimicos asociados a la vida. Esta subdisciplina es importante para los estudiantes de agroforestal para entender los procesos que la planta lleva a cabo y que se ve reflejada en el rendimiento final de un cultivo.