En la asignatura de Química Orgánica II se continúa con el estudio de las propiedades y reacciones de los diferentes tipos de grupos funcionales de los compuestos orgánicos teniendo como base los fundamentos estudiados en la asignatura de Química Orgánica I. Para una mejor comprensión de las reacciones específicas de cada grupo funcional se enfatiza en los mecanismos de reacción con el objetivo de visualizar como ocurren y predecir los productos que se generan, sin tener que recurrir a la memorización; ello conduce a que el estudiante adquiera la capacidad analítica para diseñar síntesis sencillas a partir de una molécula objetivo y pueda interpretar las reacciones que se llevan a cabo en un laboratorio de química orgánica.